Обращение к драме Льва Мея было «давнишним намерением» композитора – вероятно, еще с 1860-х годов, когда сам Римский-Корсаков сочинил по другой пьесе Мея свою «Псковитянку», а над сюжетом «Царской невесты» задумывались М. А. Балакирев и А. П. Бородин (последний сделал даже несколько эскизов хоров опричников, музыка которых была потом использована в «Князе Игоре»). Гениальный оперный драматург, блестящий знаток театральной специфики, Римский-Корсаков самостоятельно спланировал сценарий новой оперы, а «окончательную выработку либретто с разработкой лирических моментов и вставными, дополнительными сценами» поручил Илье Тюменеву, литератору, театральному деятелю и своему бывшему ученику.
К немногим своим операм Николай Андреевич относился с такой нежностью, как к «Царской невесте». Возможно, это было вызвано тем, что композитора привлекал сам сюжет. Эпоха царствования Ивана Грозного всегда вызывала у него большой интерес. Образы обреченной на гибель прекрасной и целомудренной Марфы, страстной и глубоко несчастной Любаши, не менее несчастного в своей безответной любви к Марфе боярина Грязного не могли не будить творческой фантазии Римского-Корсакова.